音乐学院办学始于1960年9月，为赣南师范专科学校设置的艺术科；1985年成立艺术系；2000年3月从艺术系分为音乐和美术两个系；2004年，在音乐系的基础上成立音乐学院，是赣南地区唯一实施音乐与舞蹈类专业本科教育的教学科研单位，也是赣粤闽湘边际区域唯一一所拥有音乐与舞蹈类硕士学位授权点的单位。

现有艺术学一级硕士学位授权点，音乐硕士、舞蹈硕士、戏曲硕士、学科教学（音乐）四个专业学位授权点，有音乐学、舞蹈学两个本科专业以及江西省首个中外合作（音乐学）办学项目。音乐学专业入选国家级一流本科专业建设点，舞蹈学专业入选省级一流本科专业建设点，设有5个教研室和2个教学管理中心。

近年来，学院获批教育部中华优秀传统文化传承基地和教育部“美育浸润行动计划”2个国家级平台，被国家文化和旅游部遴选为中国非物质文化遗产传承人群研培计划参与院校，获批江西省文化艺术科学重点研究基地“赣南民间区域文化艺术研究中心”，承担国家社科基金、国家艺术基金、教育部人文社科基金20余项，承担各类省级科研项目200余项，出版专著、教材50余部，发表高质量学术论文200余篇。学院成立了交响乐团、民族管弦乐团、合唱团、舞蹈团等艺术实践团队，师生多次受邀参加中央广播电视总台节目录制和省级以上大型演出活动，多次获得中国舞蹈“荷花奖”、中国戏剧“梅花奖”和中国声乐“孔雀奖”等国家级奖项。